Parafia powstała 1 stycznia 1937 roku na podstawie dekretu erekcyjnego z dnia 15.12.1936r., podpisanego przez kardynała Aleksandra Kakowskiego. Utworzona została z terytorium parafii pw. św. Katarzyny na Służewcu.
Na Okęciu (zanim formalnie powstała parafia) istniała od 1934 r. niewielka drewniana świątynia (kaplica), będąca filią parafii p.w. św. Katarzyny. Zbudowano ją staraniem Marii i Stanisława Bagniewskich, właścicieli ziemskich Okęcia, którzy ofiarowali teren pod budowę kościoła. Nadto w budowę świątyni zaangażowały się środowiska wojskowe, pracownicy Zakładów Lotniczych PZL i cywilni mieszkańcy Okęcia. Do 1.09.1939 r. kaplica nieformalnie pełniła także funkcję kościoła garnizonowego. Integracja parafii zakończyła się dopiero po wojnie. Wtedy także dokonano odpowiedniego doposażenia świątyni. Duże zasługi w tej kwestii położył ks. prałat Michał Kliszko, znany w diecezji społecznik, późniejszy proboszcz parafii p.w. św. Trójcy na warszawskim Solcu. Drewniana świątynia zabezpieczała potrzeby religijne wiernych w stopniu wystarczającym do lat 60-tych ubiegłego stulecia. Kiedy nastąpiła zabudowa Okęcia i powstały nowe duże osiedla, drewniany kościół okazał się za mały. Jednak władze komunistyczne nie chciały wyrazić zgody na budowę większej świątyni. Wreszcie na początku pontyfikatu Jana Pawła II, w sytuacji zmiany polityki wobec Kościoła, wydały pozwolenie. Ówczesny proboszcz, ks. Ryszard Bieńkowski, w 1979 r. wraz z wiernymi przystąpił niezwłocznie do budowy. W 1980 r. Sługa Boży kardynał Stefan Wyszyński, poświęcił i wmurował kamień węgielny. Natomiast w 1987 r. kardynał Józef Glemp konsekrował nową świątynię. Po nagłej śmierci ks. Ryszarda Bieńkowskiego w 1988 r., proboszcz, ks. Władysław Nowicki, kontynuował zadania duszpasterskiej pracy, których nie zdążył ukończyć, bądź nie podjął jego poprzednik. W parafii nie ma znaczących zabytków o charakterze religijnym i narodowym.
Patronką kościoła jest Matka Boża Loretańska. Jej wspomnienie Kościół obchodzi 10 grudnia. Jest to zarazem dzień odpustu parafialnego. Kult Matki Bożej Loretańskiej wywodzi się z sanktuarium domu Najświętszej Maryi Panny w Loreto. Wg archiwów watykańskich, budynek z Nazaretu został przetransportowany drogą morską przez włoską rodzinę noszącą nazwisko Angeli. Sanktuarium Słowa Wcielonego w Loreto jest pierwszym maryjnym sanktuarium o charakterze międzynarodowym.
Wewnątrz domku nad ołtarzem umieszczono figurę Matki Bożej Loretańskiej, przedstawiającą Maryję trzymającą na lewej ręce Dzieciątko. Pośród kaplic znajdujących się w bazylice warto wspomnieć Kaplicę Polską, ozdobioną w latach 1920 – 1946 freskami, przedstawiającymi dwa wydarzenia z historii Polski: zwycięstwo Jana III Sobieskiego pod Wiedniem oraz cud nad Wisłą.
Patron parafii, Franciszek (Jan Bernardone), urodził się w Asyżu w 1182 r. Był synem zamożnego kupca Piotra Bernardone i Joanny Pica. Ojciec po powrocie z Francji do imienia syna Jan dodał Franciszek (Francuzik). Jako młody człowiek Franciszek odznaczał się wrażliwością, lubił poezję i muzykę. Ubierał się dość ekstrawagancko. Był to czas jego beztroskiego życia. Podczas zbrojnego konfliktu między Asyżem a Perugią wziął udział w walce i dostał się do niewoli. Prawie roczny pobyt w więzieniu poważnie nadwyrężył jego zdrowie. Po powrocie do domu ciężko zachorował. Wówczas powziął zamiar zmiany życia, nie był on jednak trwały. W roku 1205 uzyskał ostrogi rycerskie i udał się na wojnę, prowadzoną między Fryderykiem II a papieżem. W Spoletto miał sen, w którym usłyszał wezwanie Boga. Powrócił do Asyżu, gdzie podjął modlitwę, umartwienia i posługę ubogim.
Pewnego dnia w kościele św. Damazego usłyszał głos: „Franciszku, napraw mój Kościół.”. Wezwanie zrozumiał dosłownie, więc zabrał się do odbudowy zrujnowanej świątyni. Aby uzyskać potrzebne fundusze, wyniósł z domu kawał sukna. Ojciec zareagował na to wydziedziczeniem syna. Pragnąc nadać temu charakter urzędowy, dokonał tego wobec biskupa. Na placu publicznym, pośród zgromadzonego tłumu przechodniów i gapiów, rozegrała się dramatyczna scena między ojcem a synem. Po decyzji ojca o wydziedziczeniu Franciszek zdjął z siebie ubranie, które kiedyś od niego dostał, i nagi złożył mu je u stóp mówiąc: „Kiedy wyrzekł się mnie ziemski ojciec, mam prawo Ciebie, Boże, odtąd wyłącznie nazywać Ojcem.” Po tym wydarzeniu Franciszek zajął się odnową zniszczonych wiekiem kościołów.
24 lutego 1208 r. podczas czytania Ewangelii o rozesłaniu uczniów uderzyły go słowa: „Nie bierzcie na drogę torby ani dwóch sukien, ani sandałów, ani laski” (Mt 10,10). Odnalazł swoją drogę życia. Zrozumiał, że chodziło o budowę trudniejszą – odnowę Kościoła targanego wewnętrznymi niepokojami i herezjami. Założył zakon Braci Mniejszych, franciszkanów (1209), którzy oddawali się wędrownemu kaznodziejstwu. Później z pomocą św. Klary założył drugi zakon – żeński, klaryski (1211). Wreszcie dla świeckich założył tzw. trzeci zakon (1221).
Uczestniczył w Soborze Lateraneńskim IV. Z myślą o ewangelizacji pogan wybrał się na Wschód. W Egipcie dotarł do sułtana Meleka-el-Kamela, a ten wystawił mu glejt, dzięki któremu odbył pielgrzymkę do Ziemi Świętej. Na Boże Narodzenie 1223 r., podczas jednej ze swoich misyjnych wędrówek, w Greccio zainscenizował religijny mimodram. W żłobie, przy którym stał wół i osioł, położył małe dziecko. Po czym odczytał fragment Ewangelii o narodzeniu Pana Jezusa i wygłosił homilię. Inscenizacją owego „żywego obrazu” nadała początek „żłobkom” i „jasełkom” oraz teatrowi nowożytnemu w Europie.
W ostatnich latach życia usunął się do Alvernii. Tam podczas czterdziestodniowego postu – 14 września 1224 roku – otrzymał stygmaty Męki Pańskiej. Aprobował świat i stworzenie, obdarzony był niewiarygodnym wdziękiem osobistym. Dzięki niemu świat ujrzał ludzi z kart Ewangelii: prostych, odważnych, pogodnych. Wywarł olbrzymi wpływ na życie duchowe i artystyczne średniowiecza.
Kiedy umierał w Asyżu 3 października 1226 roku, kazał zwlec z siebie odzienie i położyć na ziemi. Rozkrzyżował przebite stygmatami ręce. Umarł z psalmem 141 na ustach. Miał 45 lat. W dwa lata później kanonizował go Grzegorz IX.
Najpopularniejszym tekstem św. Franciszka jest „Pieśń słoneczna”. Pozostawił po sobie pisma: „Napomnienia”, listy, teksty poetyckie, modlitewne.
Św. Franciszek jest patronem wielu zakonów, m. in: albertynów, franciszkanów, kapucynów, franciszkanów konwentualnych, bernardynek, kapucynek, klarysek, koletanek; tercjarzy, jak również licznych grup zawodowych i społecznych, w tym: aktorów, ekologów, niewidomych, robotników, tapicerów, ubogich, więźniów. Patronuje także Włochom, Asyżowi, Bazylei, Akcji Katolickiej czy pokojowi na świecie.